微卫星不稳定性（Microsatellite Instability,简称为MSI）是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型，多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。MSI与肿瘤的发生、发展，治疗方案制定及治疗效果预测相关，更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前，临床上使用的两种MSI检测的金标准方法，MSI-PCR和MSI-IHC，都需要专业技术人员实验操作来完成，均费时费力且成本较高。近年来，随着高通量测序（Next Generation Sequencing,简称NGS）的发展，基于NGS的MSI检测方法开始显露头角，在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下，极大的缩减了检测时间并减少了检测成本，大幅提高了推广MSI检测的可行性。2014年，叶凯教授及其团队就率先开发了基于NGS的MSI检测方案MSIsensor。2017年MSIsensor作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的MSI计算方法，通过了美国FDA的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心（MSKCC）的测试表明，MSIsensor与金标准的一致性可达99.4%。

然而，包括MSIsensor在内的MSI检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面，这一份正常对照样本限制了MSI的应用场景，尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况；另一方面，额外的对照样本增加了MSI的检测成本。

基于上述原因，在叶凯教授指导下，叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索，从MSI发生机理出发，通过数学模型抽象，并从单个肿瘤样本中提取特征，开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的MSI检测，只需50个微卫星位点的测序数据即可实现MSI的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了MSI的应用范围，减低了MSI检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。

该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics（影响因子6.597）上。叶凯教授的博士生贾鹏为该论文的第一作者，叶凯教授为通讯作者，西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。

该研究得到了国家重点研发计划精准医学研究重点专项之“精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术开发”和“中国十万人基因组计划暨中国人群多组学参比数据库与分析系统建设”、国家基金委面上项目和青年项目等的资金资助。

论文链接为：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218

课题组网站：http://gr.xjtu.edu.cn/web/kaiye